ישנם בדרך כלל שלושה סוגי זכוכית המשמשים בחממות זכוכית. זכוכית חלולה, זכוכית צפה, זכוכית מחוסמת.
בעבר, הזכוכית הנפוצה בשימוש בבניית חממות זכוכית הייתה בדרך כלל זכוכית צפה, בדרך כלל השתמשה בשני גדלים: 4 מ"מ ו-5 מ"מ עובי. באותה תקופה, זכוכית בעובי 4 מ"מ הייתה בשימוש נפוץ באירופה ובאמריקה, ורק זכוכית בעובי 5 מ"מ שימשה באזורים מועדים לברד.
בסין, זכוכית בעובי 5 מ"מ הפכה למפרט נפוץ לכיסוי חממות זכוכית בשל עמידתה בדרישות שוק הבנייה האזרחית. עם הגידול במספר החממות המיובאות וההשקעה הגוברת של יצרני חממות זכוכית זרים בסין, נעשה בהדרגה שימוש בזכוכית בעובי 4 מ"מ בחממות זכוכית בסין.
כיום, נהוג להשתמש בזכוכית מחוסמת, שעברה מזג על בסיס זכוכית צפה והיא חזקה יותר. בדרך כלל, החלק העליון של חממת זכוכית טובה עשוי מזכוכית מחוסמת בגודל 5 מ"מ, והאזור שמסביב עשוי מזכוכית בידודית 5+6+5. התכונה נגד עיבוי של זכוכית בידודית טובה. בשל הימצאותם של חומרי ייבוש בתוך זכוכית הבידוד שיכולים לספוג מולקולות מים, הגז יבש, וכאשר הטמפרטורה יורדת, פנים זכוכית הבידוד לא ייצור עיבוי.
